由于飼養環境和雞糞肥排泄方式與其他畜禽不同,養殖戶習慣于露天晾曬雞,進而導致蛆蟲大量繁殖,產生臭味問題。另外,由于生雞糞濃度高、價格低廉,農民常使用未發酵的生雞糞作為農作物(果樹)的肥料。當它與水接觸時,會再次發酵并產生惡臭,形成臭味和蒼蠅滋生的環境。衛生問題以及對病原菌傳播的擔憂也會因施肥不當而影響作物生長,導致土壤線蟲的出現。因此,農民在考慮肥料分配和投入成本的同時,也須面對施用生雞糞的不良后果。
為了減少生雞糞對環境衛生的影響,雞糞在施用前需要進行適當的堆肥和發酵。但傳統的堆肥方法處理雞糞,容易產生臭味,費時、費力、需要處理空間。此外,部分氮會以氨(NH3)的形式損失。農民普遍認為肥料不如生物質有效。雞糞使用成本較高,因此其應用不如生雞糞普及。另一方面,雞糞堆肥時產生的臭味對附近居民影響較大。多年來,畜牧場、堆肥場成為公眾的“鄰避設施”,引發公眾抗議和臭味事件投訴會時不時聽到。